Molecular Dynamics (MD)　シミュレーションの計算が終わった後、 その分子の時間発展の配座の変化をgifなりで動画として保存するまでのプロセスを 覚え書きとしてまとめてみたい。

計算の概要、結果のファイルの形式を書くと、、、
(1-1) Linux上でMD計算をした。
(1-2)１ステップの時間の間隔を１フェムト秒として、10000ステップ計算した。
(1-3) 結果のファイル(MDout.xyz)は 各ステップの分子座標を含んでいる。
(1-4) １００フェムト秒ごとの分子配座の変化を(つまり１００ステップごとの)動画ファイルとして保存したい。

(2-0) VMDとmolekelを予めインストールしておく。
(2-1) VMDを起動
(2-2) メニューバーよりFile-> New Moleculeを選択し、(1-3)の分子を読み込む(Browse->Load)
(2-3) メニューバーよりFile-> Save Coordinateを選択。strideを１００にする。
(2-4) pdbファイルとして保存（molecule.pdb）
(2-5) Molekelを起動
(2-6) (2-4)のpdbファイルを読み込む
(2-7)

(3-1) Linuxのコマンドで　convert -delay 50 mole*.gif anime.gif

思えば小学校の終わりから英語を勉強してきたのに
ちっとも話せない、聞けない。
ある程度書くことができるのは、文法やライティングばっかりやってきたからだろう。
でも日本の英語教育って英語を身につける数ある因子（ミクロスコピックな文法、マクロな文の構成法、リスニング、スピーキング、ライティング、ロジックの組み立て方）のうちの
本当に「ミクロな文法だけ」しかしないから、さもありなんという気もしないでもない。
１０数年やってこれだからある意味すさまじい。
というわけで「論理的に物事を順序立てて説明することができない」ので
ドイツにいながら「英会話」へ行きなされというアドバイスをヨーロピアンより頂いた。
やれやれ。いつになったらうまく話せるのかな。とりあえず後ろ向きにならずに頑張るしかないようです。

です。
ちょっと言葉の壁やらでふさぎこんでおります。



解決の糸口が見つかればいいのですが、、、

あ。今本当にドレスデン午前４時です。
北海道より北に位置することもありうっすら明るくなってきました。

今日はたまたまネットで見つけた宮崎人チェックをしてみたいと思います。

● 　最大の自慢だったシーガイアの倒産が、無念で無念でたまらない。
->そもそも海の近くに海を模する施設を建てた意味が分からない。「なくなっちゃえ」と思ってたけどいざ無くなるとちょっと寂しい気もする。
● 　とは言うものの、地元民はほとんどいったことがなかったので「ま、いっか」とも思っている。
->うん。１回で十分。
● 　やっぱり、ジャイアンツファンだと思う。
->親の世代はそうかも。
●　やはり宮崎の看板は橘通りのフェニックスであろうと思う。
->そうかも。それよりか県庁の真ん中のフェニックスが気になる。
●　「土曜ワイド劇場」が「月曜ワイド劇場」になったり、雑誌の発売日が２日遅れる事実に田舎度を認識せずにはおれない。
->２日位別にいいやと思ってる。
●　わが家の醤油はエンマン醤油。
->知りません。
●　炭焼き地鶏と冷汁とチキン南蛮が大好きだ。
->大好きだ。
●　チキン南蛮といえば、おぐらだ。
->
●　リニアモーターカーを山梨に取られたことは大失敗だったと思う。
->うん。
●　のんびりとして人がよく、争いごとを好まない県民性は好きだが、国体でいつもビリになるのが、いたしかゆしである。
->別にいいと思う。
●　「やっちょんな宮崎人」を持っている。
->もってません。
●　稲刈りといえば、７月だ。
->そうかも...
●　宅習と宿題の違いがわかる。
->懐かしい！宮崎オリジナルなんだー。
●　「ゴジヤジ」に出るために橘通りに行ったことがある。
->そうなんですか？宮崎に長いこといないんで。
●　生駒高原のコスモスは近くで見るときれいに思えない。
->行ったことない。
●　河野孔明に投票したことがある。
->ないです。
●　心霊スポットといえば「コツコツトンネル」である。
->福岡に住んでましたが米一丸の踏切が怖すぎてそっちの方が印象強いです。
●　西南戦争で最強と呼ばれた小倉処平、小村寿太郎を輩出 したのが自慢。
->小村は一応ハーバード卒。基本的に歴史的著名人がいないのが宮崎。
●　日向夏ジュースが好きだ。
->さつまいもジュースが好きだ。
●　「なんじゃこら大福」も好きだ。
->嫌いだ。
●　星の降る町、日本一星空のきれいな霧島は、裏返せばど田舎だということに、あえて目をつむっている。
->(-_-)　...........
●　渋滞もろともせず、「天領うどん」へわざわざうどんを食べに行ったことがある。
->いいえ。
●　テレビを見ていて「チャンネルをＵにして」と言う。
->手動ダイヤル式のころはそうだったかも。
●　同じく「８チャンにして」も通じる。
->どこでもそうだと思ってたorz
●　同じく「反対にして」でも通じてしまう。
->2局しかないみやざきならでは。
●　人気焼酎「百年の孤独」より「マヤンの呟き」のほうが通っぽいと思っている。
->後者は知りませぬ。
●　ホテルや旅館、道の駅、ドライブインなどの土産物屋で「ユタカ商会」以外のお菓子を探すのは難しい。
->知りません。
●　「めざましテレビ」に高橋巨典が出るときは必ず見る。
->今日本のテレビ見れません。
●　ファミリーレストランは「ジョイフル」だ。
->さすがにそれはないっしょ。思い当たる節が多少あるが.....
●　海で泳ぐより川で泳ぐほうが好きだ。
->海が近いのに言われてみれば川派が意外と多いかも。
●　因縁ババアを知っている。
->知ってる！！よく遠方から怒鳴られてました。５歳位の時にちゃかしに行って追っかけられたことがあります。出没していたのは、橘橋のトイレ付近でした（川を挟んで交番の対岸にあるトイレね）。
●　Mの国の意味がわかる。
->わかる。
●　“耳恋”といえばシローだ。
->知らない。
●　Mステのことをゲーム機の名前だと思っている。
->うんにゃ。
●　家を新築すると「せんぐまき」をする。
->幼稚園年長〜小学生の頃よく行ってました。初めは大人はなぜあんなにも紙切れ（お金）に必死なの？って思ってました。
●　南国宮崎への新婚旅行ブームがわき起こったきっかけとなった川端康成の「たまゆら」が、本棚の片隅にある。
->実家にあるかも。読んだこと無い。
●　日南は最近「日南海岸」では勝負できなくなったので「宮崎の小京都」をキャッチフレーズにしているが、心の底では少し無理があるのではないかと思っている。
->ちょ、ちょっと待ってくれ。
●　都井岬に野生馬を見に行って、猿におそわれたことがある。
->無いです。
●　浅香唯が「ザ・ベストテン」で冷汁を全国に広めてくれたことは、けっこううれしい。
->恥ずかしー。
●　佐藤むねよしが歌う「大淀慕情」は、あまり好きではない。
->しりません。
●　 蜂楽饅頭のことを全国的に今川焼きと呼ぶことを知ったのは、かなり大人になってからだ。
->？
●　 ロッテのジョニー黒木の宮崎なまりが好き。
->？
●　元0930の片割れが現在ゴジヤジのメンバーに加わっており、相方は？！と疑問に感じた。
->宮崎におらんかぃ、わからん。うぃきみるといろいろやっちょるみたいね。
●　やどかり美容室を知っている。
->CMで。
●　新しく出来た、九州最大の広さを持つ『イオン』がオーシャンドームの二の舞にならないか多少、不安を持っている。
->それよりか橘通が心配。
●　ワシントンパームを間違ってフェニックスだと言っている
->いいえ。
●　タオラーと聞くと恥ずかしい。
->やめちくりm(_　_)m。
●　Ｍｒ．バニーを知っている。
->長いこといないので知りません。
●　黒霧島は全国で有名だと思っている。
->思っている。
●　プロ野球やJリーグのキャンプのメッカであることは大いに自慢だが、その時期くらいしか車が渋滞しないのも少し寂しい。
->コアな場所ですが古城-清武間の渋滞にイライラしてました。
●　巨人のキャンプ地の長嶋茂雄御用達のうどん屋「重野井」に、もしかしたらミスターに会えるかもしれないという期待を抱いて行ったことがある。
->そこから数百メートルに住んでましたが、２度位しか行ったこと無いです。ガキの頃、店と他の家との狭い隙間を通って遊んでて、物音立てて店の中から怒鳴られて逃げて、数分後店の前を通って、店の人と出くわして「ヤバイ！」と思ったが、にこやかに挨拶されてなんというか大人の二面性を初めて知った思い出がある。
●　旭化成の宗兄弟は、兄弟ばかりでなく、家族全員同じ顔だということを知っている。
->いいえ。
●　チーズ饅頭は「わらべ」「南国屋今門」以外、認めていない。
->いいえ。
●　ダイエーの寺原と広島のキムタクと巨人の入来を応援している。
->いいえ。
●　「ぎょろっけ」をお弁当に入れる。
->あったね。
●　タウン宮崎のコマ地図で５時間以上運転したが、よくわからないお寺に着いたことがある。
->なにそれ？詳細希望。
●　西都原古墳群の菜の花畑で記念撮影をしたことがある。
->ついこないだここに来る前にしましたorz
●　県内の北と南の言葉が違い過ぎるので、お互い理解できない。
->宮崎もひれーかいねぇ。
「街のうさぎだ！」と言われたら何の疑問もなく、「♪パルバァァァジョ～ン」と歌ってしまう。
->歌ってしまう。５秒ＣＭ。懐かしい。まだあるのかな？結局何の店(事務所)か分からずじまい。（笑）
●　家にひょっとこの面がある。
->きっと。
●　飫肥せんべいをお茶なしで食べるのは危険だ。
->はい。あのまとわりつき方は異常(笑)
●　あずき色の制服といえば「ドミニコ」だ。
->なんのこっちゃ？
●　町に出かけると、しょっちゅう友達と出会う。
->だからこそハンパな服で出かけられない。（レマンは除く）
●　宮交シティーのスケート場にいったことがある。
->その昔、駐車場からスケート場への入り口(２階)へ向かう通路にある暗い閉まった美術教室？の白い像が不気味すぎてそっちの方が印象的だった。
●　飲んだ後にはラーメンではなく「釜揚げうどん」だ。
->いわれてみればラーメンよりうどんの印象が強いですね。
●　鹿児島の薩摩揚げより、おび天のほうがおいしいと確信している。
●　じゃりパンといえばミカエル堂だ！
->はい。あのじゃりじゃりした舌触りが絶妙でした。
●　ケンタッキーのフライドチキンがほかの県よりおいしいと思ってる。
●　「ウェルネス都城」の歌はとても恥ずかしいと思う。
->聞いてみたい。
●　日南海岸でサーフィンをするのは、他府県のやつらである。
●　「むじぃ～こっせん？」と聞かれると、「むじぃ～」と答えられる。
->うん。でも「こっせん」はやめんか！
●　都城に行くと、つい永瀬正敏の実家詣でをしてしまう。
->
●　日南の「サボテン園」で、サボテンステーキやサボテンうどん、サボテンアイスクリームなど、サボテンメニューを食べたことがある。
->あるいまは閉鎖されたんだっけ？
●　きゅうりの入ってない冷汁は、冷汁と認めない。
->認めん！

ドレスデンでは５月１日が休みです。メーデーです。
木曜日にメーデーで、金曜をはさんで土日休日なので
金曜日は大学にはあまり人が来ていませんでした。
一応既定の６時まで働いたのですが、午後４時ごろにはもう誰もいなくなっていました

金曜日の夜はバーは夜遅くまで開いてるので、
ちょっくら飲んできました。ビールは250mlで1.8ユーロなので本当に安い。

昨日、家賃をインターネットで 隣人の助けを借りて（全部ドイツ語...orz） ドイツで作った銀行口座で払いました。 楽ちん楽ちん。いや確かに便利だ。 「日本にはインターネットバンキングはないのか？」と聞かれる。 ドイツでは日本と比べると インターネットバンキングは広く普及している印象を受ける。 だって７０近い大家さんでさえ、インターネットバンキングしてるんですもの。 まぁ、ほんの一例で、それだけで判断するのは軽率ですが、、、 「無いことはないけど、citibankとかあるし、でもそんなに一般的ではないかも」 と答え、マルティンはガハハハと笑った。